Трагические события 11 сентября в Нью-Йорке потрясли меня. Мне очень жаль тех невинно ... США? И как это лучше делать?

Конечно, можно; само желание такой молитвы свидетельствует о христианском, угодном Богу, отношении к трагически погибшим людям. Вы можете молиться и дома, и в Церкви, поминая их «про себя». Можно даже поминать жертв этого теракта и на панихидах, потому что в числе погибших были как инославные, так и православные христиане.