Присутствовали ли Мафусал и Ламех в Ноевом ковчеге?

Нет. Согласно хронологическим данным книги Бытия Мафусал и Ламех скончались до потопа. Ной прожил всего девятьсот пятьдесят лет (Быт.9:29). «И жил Ной после потопа триста пятьдесят лет» (9:28). Из этого следует, что потоп произошел, когда Ною было 600 лет. Отец Ноя Ламех прожил «по рождении Ноя пятьсот девяносто пять лет» (5:30). Следовательно, он умер за 5 лет до потопа. «Всех же дней Ламеха было семьсот семьдесят семь» (5:31). Значит, Ламех родился за 782 года до потопа (777 + 5). «По рождении Ламеха Мафусал [дед Ноя] жил семьсот восемьдесят два года» (5:26). Следовательно, Мафусал умер в год потопа. По-видимому, в предложенных Вами расчетах год рождения Сима, Хама и Иафета (5:32) рассматривается как время начала потопа. В таком случае не берется во внимание, что в ковчег они вошли, будучи взрослыми, имея жен. По рождении детей Ной получил от Господа повеление построить ковчег. Строился он около ста лет. Слова Господа «пусть будут дни их сто двадцать лет» (6:3) некоторые святые отцы (например, преп. Ефрем Сирин) изъясняют как время строительство ковчега и как время, данное людям на покаяние.