Можно ли молиться за спасение души умершего, если умерший был мусульманин по рождению и атеистом при жизни?

Каждый человек имеет образ и подобие Божие. За каждого Спаситель наш принес Искупительную Жертву. Поэтому каждому (в том числе некрещеному и неверующему) нужно стараться искренне помочь. Пока человек жив, возможностей больше. Но если даже человек отошел из этой временной жизни, не придя к вере, оставлять его без всякой помощи нам не позволяет заповедь любви. Национальность не имеет никого значения. У Бога нет мертвых, у Него все живы. И тот, о ком Вы спрашиваете, получил место временного пребывания до Страшного Суда. Только на нем Господь все определит окончательно. Церковь поминает только своих чад. Однако вне Церкви за него можно просить, читая ту молитву, которую дал великий оптинский старец преподобный Лев. Недавно она была приведена в одном из наших ответов (там говорилось также и о других возможностях помочь). Посмотрите.